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由于无机物离子的直径都很小（0.3～0.7nm），用普通的凝胶型树脂是完全可以除去；但当水中有有机物分子存在时，由于其分子很大（胶硅化合物的粒径可大于50nm，某些蛋白质分子为5～20nm），用普通凝胶树脂除去它们则有困难。而且再生时，这些被吸附的有机物也不易被再生下来，所以凝胶型树脂易于被有机物所污染。
凡外观透明、具有均相高分子凝胶结构的离子交换树脂统称为凝胶型离子交换树脂。这类树脂表面光滑，球粒内部没有大的毛细孔。在水中会溶胀成凝胶状。树脂内大分子之间的间隙为2~4nm。一般无机小分子的半径在1nm以下，因此可自由地通过离子交换树脂内大分子链的间隙。在无水状态下，凝胶型离子交换树脂的分子链紧缩，体积缩小，无机小分子无法通过。所以，这类离子交换树脂在干燥条件下或油类中将丧失离子交换功能。
凝胶型树脂外观呈透明球状颗粒，其孔隙度很小，一般都在3nm以下，这些孔隙不是真正意义上的“孔”，而是由高分子链和交联剂相键合而形成的，它随运行条件而改变；在干的凝胶型树胶中，这些孔实际上是“消失"的。当凝胶型树脂浸人水中后，由于活性基团发生水化后，才显现出来。
用普通合成法制成的离子交换树脂，由许多不规则的网状高分子组成，类似凝胶，所以称其为凝胶型树脂，如津南化工厂生产的001×7、201×7等都属于凝胶型树脂。凝胶型树脂在水中会发生溶胀，体积变大，这种溶胀会使树脂的机械强度降低；同时，当凝胶型树脂在不同离子型态时，膨胀率也会发生变化。这样就会因为树脂的反复膨胀、收缩而使树脂颗粒易于破碎。
当树脂再生过程中，一旦使用了质量不好的工业盐酸或副产品盐酸，其就会对树脂造成损害，游离氯的含量应小于0.1mg/L。防止树脂被氧化的方法活性炭过滤。因为活性炭具有能够除去水中游离氯的原理，经过一系列化学反应，当活性炭表面吸附的氯已经达到一定值时就会发生很多反应。
铁可以作为亚铁或三价无机盐或作为隔离的有机络合物存在于水中。亚铁在树脂中交换，但三价铁不溶，不会。三价铁涂层阳离子树脂，防止交换。使用酸或强还原剂来除去这种铁。有机结合的铁通过阳离子单元并污染阴离子树脂。将其与有机材料一起除去。存在于某些井水中的锰以与铁相同的方式污染树脂。
